Boinc - Equipe de la Science

Explication de l'importance des unités calculées ces dernières semaines pour le LHC

2008-02-26T21:48:22Z

Salut à tous,

Nous espérons que vous avez été heureux de calculer les tous derniers lots d'unités de travail. Au moment où j'écris (le 25.02.2008 à 11:00 GMT), il vous en reste toujours 15.000, alors continuez à calculer. Ce flux de travail est bien sûr lié au démarrage imminent du LHC qui doit dêtre mis en service un peu plus tard dans l'année. Ce travail est vital pour le bon fonctionnement du LHC dans son ensemble en réduisant la quantité de coups d'essais et en permettant aux scientifiques de se concentrer sur la science à proprement parler. Bien que nous ne puissions pas garantir que nous continuerons à avoir une telle quantité (et longueur) d'unités de travail au cours des semaines à venir, cela semble probable.

Nous cherchons toujours à mettre sur pied de nouvelles applications (simulation du détecteur ATLAS, application GARFIELD,...) et à les faire tourner sur le projet et nous espérons avoir de vraies nouvelles à vous fournir à ce sujet au cours du mois prochain ou dans ces eaux-là. Le problème est que cela dépend de nombreux facteurs différents qui ne sont pas vraiment de notre responsabilité, mais croisez les doigts (et tout ce que vous pouvez croiser). Merci les amis,

Neasan & Alex.

SIMAP : 700 000 nouvelles séquences à analyser

2008-02-22T19:36:08Z

Les unités de travail actuelles calculent les similarités et domaines d'environ 700.000 nouvelles séquences importées en février 2008 et issues de bases de données publiques des protéines (PDB, Unitprot, GenBank, RefSeq). Une fois ces calculs terminés, les prochaines unités de travail sont attendues le 1er avril (SIMAP redeviendra un projet périodique).

Derniers jours d'existence pour l'application Primegen

2008-02-16T09:08:41Z

Les dernières unités de la plus ancienne des applications du projet PrimeGrid, primegen, viennent d'être insérées sur le serveur. Primegen s'est avéré être extrêmement utile pour tester l'infrastructure lors de la première phase du projet. L'application a rempli ses objectifs, et il est temps de faire place à des applications plus récentes et plus efficaces. Le cleanup (nettoyage) débutera dès que la dernière série d'unité aura été calculée, les veilles unités plantées seront apurées. Nous suggérons aux participants qui calculaient exclusivement sur primegen de sélectionner un autre sous-projet pour continuer les calculs. Les projets de criblage (Sieve), Generalized Cullen/Woodall Sieve et Prime Sierpinski Problem Sieve, ont à peu près les même caractéristiques que primegen, et se présentent comme de bons projets de substitution. Ce choix est à faire dans ses préférences PrimeGrid (Edit PrimeGrid preferences)

Installez Linux sur votre PS3 en 5 minutes top chrono

2008-02-15T22:23:20Z

Le projet espagnol PS3GRID.net (Université Pompeu Fabra, Barcelone) a conçu une distribution Linux live afin de donner aux possesseurs de PS3 la possibilité de tester une distribution Linux sur leur console. Cette distribution peut être stockée sur un support amovible (clé USB,...) et contient un client BOINC entièrement fonctionnel, elle permet aux utilisateurs qui le désirent de rejoindre le projet de recherche PS3GRID.net en quelques minutes. ASSUREZ-VOUS QUE LE DERNIER FIRMWARE DE LA PLAYSTATION3 EST INSTALLE (Consultez le manuel de votre PS3). Cette version a été testée sur le firmware 2,10. Cette mise à jour peut être téléchargée et installée directement depuis le module de mise à niveau automatisé de la console.

1. Matériel requis : un appareil de stockage amovible (clé USB,...) de 512 Mo ou +

2. Télécharger le fichier contenant la distribution Linux live, Cliquez ici (<250Mo) puis le copier sur la clé USB

3. Insérez votre clé USB dans le port de la Playstation prévu à cet effet puis démarrer la console. Utilisez une connection ethernet (cable) pour la relier à internet (le WIFI n'est pas encore pris en charge)

4. Installer autre système d'exploitation

5. Redémarrer sur le nouveau système d'exploitation

Et voilà c'est fait ! Les calculs démarrent automatiquement

Conseils :

Il existe quelques ficelles toujours utiles à connaître : Appuyer sur le bouton "ARRÊT" (OFF) pendant quelques secondes éteindra votre PS3 qui devrait redémarrer sur le système d'exploitation prévu pour les jeux (XMB) Presser pendant quelques secondes sur le bouton "MARCHE" (ON) lorsque votre PS3 est éteinte, et votre PS3 démarrera sur l'OS jeu (XMB) Lors du kboot : prompt, au moment de l'initialisation de Linux, vous pouvez rapidement appuyer sur la touche tabulation pour sélectionner la meilleure résolution d'écran

Linux sur votre PS3 pour les utilisateurs plus expérimentés

Matériel requis

Pour utiliser PS3Grid, vous avez besoin :

* Un disque USB vide de 512 Mo ou + * Une PS3 connectée à internet (La PS3 doit être capable d'acquérir une adresse IP via DHCP en utilisant une connection ethernet (le WIFI n'est pas encore pris en charge)

Instructions détaillées

Préparation de votre appareil de stockage amovible PS3Grid

* Télécharger la distribution live en cliquant ici (250 Mo) * Formater le support amovible USB de 512 Mo * Décompresser le fichier puis copier le contenu sur votre amovible USB. Assurez vous que les fichiers sont copiés dans le répertoire racine du support amovible, tel que vous pouvez le voir ici

Préparation de la PS3

La première fois que vous allez utiliser la distribution PS3Grid live, vous devrez installer un logiciel permettant de lancer un autre système d'exploitation depuis votre PS3 (un chargeur d'amorçage ou boot loader en anglais). Pour se faire, suivez les instructions suivantes :

* Enfichez votre clé USB dans votre PS3 * Depuis XMB XrossMediaBar), aller dans Paramètres -> Paramètre Système -> Installer autre système d'exploitation. * Valider. Votre PS3 devrait trouver une image pour le chargeur d'amorçage. Appuyer sur OK ou suivant pour installer l'image.

Lancer PS3Grid Live

Enficher l'amovible USB et allumer la PS3. Si la PS3 démarre XMB (le système d'exploitation pour les jeux), se rendre dans Paramètres -> Paramètre Système -> Système par défaut et changer le système d'exploitation par défaut avec "Autre Système d'exploitation". Une fois cette option sélectionnée, redémarrez votre PS3. Linux devrait démarrer automatiquement ! La distribution Linux est configurée pour lancer le client Boinc et se connecter au serveur de PS3GRID.net avec un compte utilisateur ps3grid paramétré par défaut. Vous pouvez suivre votre contribution individuelle et par équipe en créant un compte utilisateur ici et en rejoignant l'Alliance Francophone ici (1ère équipe mondiale sur PS3Grid). Pour repasser au mode normal de la PS3, fermer Linux et éteindre la PS3. La rallumer et presser sur le bouton ON (marche) pendant 5 secondes.

FAQ

* Lorsque j'essaye d'installer le chargeur d'amorçage (bootloader), la PS3 me dit qu'elle ne trouve aucun fichier approprié

Vérifiez que la totalité des fichiers de l'installation live sont bien copiés dans le répertoire à la racine de votre amovible USB (et pas dans un sous-répertoire)

* Lors du lancement de Linux, la PS3 s'arrête à kboot : prompt

Assurez-vous que l'amovible USB ait été inséré avant le lancement de la PS3 Vérifiez que la totalité des fichiers de l'installation live sont bien copiés dans le répertoire à la racine de votre amovible USB (et pas dans un sous-répertoire) Assurez-vous que le disque ait été formaté par le système de fichiers FAT32 Assurez-vous que l'amovible USB a été formaté sans table de partition, ou, si il est partitionné, que cette partition est caractérisée comme bootable (que le secteur de boot permette à l'ordinateur de démarrer

* Le poste de travail Linux se lance, mais la résolution de l'écran est très petite

Le mode vidéo peut être sélectionné lors du kboot : prompt , au moment du démarrage de Linux. Appuyer sur la touche tabulation pour passer en revue les différentes configurations vidéos disponibles.

* Linux est déjà installé sur ma PS3, est-ce que je peux utiliser PS3Grid Live ?

Oui ! Cependant, cela dépend de la distribution que vous avez installé, si vous avez suivi les instructions données ci-dessus et que vous voulez retourner au Linux qui était installé avant, vous devrez réinstaller le chargeur d'amorçage (bootloader) de cette ancienne version.

Vous avez une question ou vous rencontrez un problème qui n'a pas été abordé, essayez sur le forum !

Remerciements Merci à Yaegashi Takeshi et Geoff Levand pour avoir fournis L'image CD Debian Live ainsi que le chargeur d'amorçage (bootloader) utilisé dans la préparation de PS3GRID Live.

Le voyageur de commerce rencontre le calcul distribué.

2008-02-14T20:07:02Z

Traduction d'un article publié par International Science Grid this Week

En mathématique, le problème du voyageur de commerce (Traveling Salesman Problem, TSP) est ce que l'on appelle un classique : quel chemin permet de visiter une seule et unique fois un nombre de villes donné tout en minimisant la distance parcourue. Lorsque l'on réfléchit au problème pour un petit nombre de villes, la solution parait simpliste. Cependant, au fur et à mesure que le nombre de villes s'élève, la résolution du problème surpasse rapidement la capacité de la plupart des micro-ordinateurs. Il faudrait par exemple 1047 années pour vérifier de manière exhaustive toutes les possibilités permettant de relier 48 villes, et ce en considérant que vous puissiez passer en revue un million de possibilités par seconde.

Malgré de nombreuses recherches, aucune solution générale n'a encore pu être apportée pour résoudre le problème TSP.

Mais qui se soucie réellement du voyageur de commerce ?

Avons nous vraiment besoin de savoir quel est l'itinéraire le plus court pour qu'un voyageur de commerce vienne sonner à votre porte ? Non, mais la forme générique du problème est utilisé dans la conception des circuits imprimés, le partitionnement des données, l'analyse des structures cristallines, l'ordonnancement, pour découper les matériaux et bien plus encore.

Représentant distribué

Le premier objectif du projet TSP est de réaliser une recherche exhaustive pour un problème TSP à 48 villes. Une fois que le chemin optimal sera connu, nous testerons différents algorithmes de recherche pour mesurer leur aptitude à trouver le chemin optimal.

L'étape suivante consistera à observer si la combinaison d'algorithmes de recherche et de tactiques par force brute peuvent aboutir à un résultat optimal. Ensuite, viendra le temps du banc d'essai de toutes théories en s'intéressant à de très grands problèmes TSP.

Les débuts

Le projet TSP a débuté comme une sorte d'étude de faisabilité. Je (Markus Weltin) voulais juste prouver que je pouvais être capable de lancer ce genre de projet. Quelques-uns de mes amis se sont joint au projet.

capitales etats-unis Le premier objectif du projet TSP consiste à calculer la solution optimale d'un problème contenant 48 villes des Etats-Unis (les 48 capitales). De nouvelles solutions sont constamment calculées par l'utilisation de la grille de calcul partagé volontaire fonctionnant sous BOINC. Image : TSP Mais les mots circulent extrêmement vite, et avant que j'ai eu le temps de m'en apercevoir, un groupe d'alpha testeurs était dejà présent sur le forum pour encourager le projet. Selon allprojectstats.com, 3000 ordinateurs et 1200 utilisateurs participent au projet, un grand merci à la communauté BOINC.

Pourquoi TSP fonctionne : un grand merci

Il existe très peu de logiciels incontournables (Killer application) dans ce monde, mais BOINC en fait très certainement partie. Certaines des personnes les plus intelligentes, aimables, modestes et patientes à travers le monde sont toujours prêtent à aider. La communauté BOINC fournit une aide dans tous les aspect qui font qu'un projet puisse fonctionner : le développement du code, la configuration du serveur, les conseils à l'utilisateur final, le système d'attribution des points, l'installation du client, le développement de l'application, ... Ainsi, j'ai écrit le logiciel, mais c'est la communauté BOINC qui maintient le projet. Les gens ont pris volontairement de leur temps pour écrire des applications pour différentes plateformes (y compris récement une application pour les PS3), ou pour mettre au point des applications optimisées. Tous les graphismes du site internet ont été gracieusement donnés par des membres de la communauté BOINC.

Markus Weltin, responsable du projet TSP

Estimation de la date de fin du projet OGR-25 (yoyo@home)

2008-02-12T19:10:27Z

Après seulement 187 jours d'existence, yoyo@home vient d'intégrer le Top10 du classement des équipes participant à la recherche OGR-25 (une recherche qui a débuté il y a 7 ans et demie, le 1er Août 2000) La fin du projet OGR-25 est estimée pour le mois Septembre 2008. C'est donc dans 7 mois que l'on devrait prouver ou rejeter par le calcul l'hypothèse proposée en 1984 par deux mathématiciens de l'Université Carlton d'Ottawa (Canada), M. D. Atkinson et A. Hassenklover :

Ordre : 25

Longueur : 480

Marques : 0 12 29 39 72 91 146 157 160 161 166 191 207 214 258 290 316 354 372 394 396 431 459 467 480

Première publication du projet QMC@home (chimie quantique)

2008-02-12T19:02:59Z

Chimique Quantique : C'est maintenant une réalité, les premiers résultats viennent d'être publiés : http://pubs.acs.org/cgi-bin/abstract.cgi/jpcafh/asap/abs/jp077592t.html Vers la Résolution de l'Equation de Schrödinger Electronique pour les Interactions Moléculaires Non-covalentes : Calculs Monte Carlo Quantique à l'Aide de l'Informatique Distribuée.

Martin Korth, Arne Lüchow, et Stefan Grimme

Institut de Chimie organique, Université de Münster, Corrensstrasse 40, D-48149 Münster, Allemagne et Institut de Chimie-Physique, Ecole supérieure polytechnique de Rhénanie-Westphalie,D-52056 Aix-la-Chapelle, Allemagne.

"Les calculs Monte Carlo Quantiques (QMC) sur les complexes de paires de bases adénine/thymine (A/T) et cytosine/guanine (C/G) empilées (st) et en conformation de Watson/Crick (wc) ont été rendus possible grâce au premier projet de calcul distribué à grande échelle avec des méthodes de chimie quantique ab-initio, Quantum Monte Carlo at Home (QMC@HOME). Les résultats pour les énergies d'interaction (wc-A/T = 15.7 kcal/mol, wc-C/G = 30.2 kcal/mol, st-A/T = 13.1 kcal/mol, st-C/G = 19.6 kcal/mol) sont tout à fait comparables aux meilleures estimations basées sur la théorie du cluster couplé. La précision de ces valeurs est corroborée par des calculs sur le "benchmark" (repère) S22 constitué par l'ensemble des systèmes liés non-covalents, pour lesquels nous obtenons une plus petite déviation absolue moyenne de 0.68 kcal/mol. Nos résultats sont en accord avec de précédentes recherches montrant que les énergies d'empilement ont une échelle comparable aux interactions sur le thème des liaisons des atomes d'hydrogène communément discuté. De plus, nous avons montré que QMC peut être une intéressante alternative aux méthodes de fonction d'onde traditionnelles pour les grands systèmes liés non-covalents. Nous avons aussi étudié en détail tous les paramètres techniques des simulations QMC et recommandons une procédure d'optimisation prudente des facteurs de corrélation Jastrow de manière à obtenir des résultats numériquement stables et fiables."

Malheureusement, la consultation de l'article dans sa totalité n'est pas gratuite durant la première année de sa publication (comme c'est tristement l'usage dans ce domaine de recherche). J'essayerai de voir si je peux faire quelque chose, vous trouverez ci dessous un court extrait (plus de détails vont suivre sur la page d'accueil)

"Remerciement : ce travail est soutenu par la Deutsche Forschungsgemeinschaft (Association allemande pour la recherche ou DFG) dans le cadre du SFB 424 (unité de recherche spéciale 424). Les auteurs remercient J. Budde, M. Heinrich, C. Diedrich and C. Mück-Lichtenfeld pour leur assistrance technique ainsi que les plus de 18.000 volontaires à travers le monde pour leur soutien au projet, et tout spécialement K. Marks D. Sutton."

Chimie quantique 2 Les plus petits systèmes fonctionnement correctement, et après plusieurs problèmes avec les plus grands systèmes (conformères tripeptide, repliement d'alcane, empilement), je pense avoir trouvé une solution à ces problèmes (les unités améliorées qui ont des noms se terminant par *exp-4L, *-ecp2/3 et *exp-4l-ecp2/3)

Détail technique Le serveur du projet a été remplacé le 6 février dernier par un nouveau système de stockage RAID. Le projet a été hors ligne durant quelques heures, le temps d'effectuer ce changement.

Détails techniques 2 Les points distribués par le projet ont été jugés trop élevés par les contributeurs de la liste d'abonnés BOINC officielle, nous allons donc commencer à les réduire au cours des prochaines semaines. Les plaintes des utilisateurs d'ordinateurs plus anciens nous avait conduit à fixer les points à ce niveau là ; nous sommes désolé que le projet ne puisse pas continuer à attribuer le même nombre de points à ces machines

Statut du projet : Lorsque le nouveau serveur sera en place et que l'application preRC1 finale aura été distribuée, le projet entrera en phase "de production" avec les nouvelles unités améliorées et un système d'attribution des crédits revu.

Statut du projet 2 : De plus en plus de volontaires soutiennent QMC@home, la puissance de calcul du projet est actuellement de 35 TFlop/s. Pour utiliser pleinement cette précieuse ressource, nous projetons d'étendre notre projet avec une nouvelle partie qui s'intéressera à d'autres problèmes de chimie quantique. Une annonce officielle sera publiée en page d'accueil du site dans les semaines à venir (bien entendu, aucun calcul ne commencera avant cette annonce et nous continuerons à nous consacrer principalement à la chimie quantique de base)

Cordialement et merci de votre soutien exprimé durant l'année 2007 Martin (développeur du projet QMC@home)

Nouvelle application, "minirosetta"

2008-02-08T23:09:53Z

Une nouvelle application, baptisée "minirosetta", vient d'être distribuée. Cette application est une refonte complète de l'application rosetta actuelle ; minirosetta a été conçu pour faciliter les futurs développements et les prochaines recherches scientifiques. Dès que sa stabilité aura été démontrée, l'objectif sera de progressivement migrer vers cette application. L'écran de veille n'est pas encore disponible mais son implémentation est en cours de développement. Minirosetta facilitera le développement de nouveaux protocoles et de nouvelles expériences imaginées par les chercheurs arrivés récemment sur Rosetta. Au final, cela devrait permettre d'élargir les capacités de rosetta et conduira, espérons le, à d'importantes avancées scientifiques. Pour l'instant, la plupart des unités distribuées fonctionnent encore avec les anciennes application (Rosetta Beta 5.93 et Rosetta 5.82), les unités compatibles minirosetta sont encore assez rare.

Performance record pour la recherche d'images dans les très grandes bases de données

2008-02-08T23:07:41Z

L'analyse d'image et la reconnaissance des formes est un outil émergent dans le domaine médical. Deux projets Boinc ont été lancé sur la base de cette technologie qui nécessite énormément de puissance de calcul :

* Help Defeat Cancer (World Community Grid) dont le but est de construire une base de donnée des tissus et tumeurs cancéreuses. Cette base de donnée sera consultable par tous les médecins à travers le monde, les tissus cancéreux des patients pourront alors être analysés, archivés et partagés automatiquement, pour fournir un diagnostic informatique extrêmement précis. A terme, cet outil devrait offrir une aide au diagnostic, afin de renforcer où infirmer les conclusions des cancérologues. L'objectivité, la reproductibilité et la précision de la technique informatique permettra de venir contrebalancer la subjectivité inérante au diagnostic du médecin. Les calculs du projet se sont achevés le 3 Avril 2007, les derniers développements ont été exposés dans un message du Dr Foran le 12 Juin dernier. * Le projet Lutte contre le Cancer (World Community Grid) de l'Université de Toronto. Le but de ce projet lancé le 6 novembre dernier est d'amener à une meilleure compréhension des principes sous-jacents à la cristallographie des protéines. Pour se faire, c'est plus de 86 millions clichés de cristaux de protéine qui seront traités. Chaque image sera analysée par le programme de reconnaissance de forme "CrystalVision", qui déterminera le résultat des analyses de cristallisation (cristal, microcristal, séparation de phases, effet de peau, précipité ou pas de changement). Cette base de donnée exige plus de 25 To d'espace de stockage (l'équivalent de 9 000 DVD).

La reconnaissance des formes sera très certainement la prochaine grande innovation des moteurs de recherche au cours des prochaines décennies. Aujourd'hui, il est possible de faire des recherches en partant d'un mot, d'une suite de mot ou d'une expression. Dans le cas de la recherche d'images, les moteurs de recherche utilisent un moyen détourné en faisant des recherches sur le texte situé à proximité d'une image. La technique est imparfaite puisque la personne qui publie une photo ne décrit jamais en totalité tous ce qu'il s'y trouve, et assez souvent l'auteur de la photographie ignore le nom des objets, animaux, végétaux, individus qui y apparaissent. La grande révolution des prochaines décennies offrira la possibilité de partir d'une image donnée puis de trouver toutes les images similaires. Par exemple, de partir d'une photo de fleur et de trouver toutes les photos dans le monde ou le même type de fleurs apparaîssent, y compris sur des photos de paysage ou appaissent des milliers de fleurs et de végétaux différents (à la condition que la résolution de la photographie soit suffisante). De partir de la photo d'une personne, puis de trouver sur internet toutes les photos où cette personne apparaît, puis ensuite des photos ou apparaissent des sosies plus ou moins proches. La prochaine étape à plus long terme sera d'intégrer dans ces moteurs de recherche nouvelle génération toutes les images contenues dans toutes les vidéos disponibles sur internet. Après se posent les même problèmes d'éthique qui se sont posés lors du lancement d'internet et des moteurs de recherche de texte, avec la possibilité de trouver énormement d'information sur une personne à son insu. Pour les moteurs de recherche de texte, il est possible de détourner le problème en utilisant un pseudo au lieu de son nom et de son prénom usuel, mais dans le cas de la reconnaissance des formes d'une image, aucune parade n'existe, à part celle qui consiste à se ballader constament avec une cagoule sur la tête.

C'est dans ce contexte de recherche extrêmement compétitive dans ce domaine, que le CEA et l'entreprise française Bull viennent d'annoncer une importante innovation. Le moteur développé par l'organisme de recherche public français permet d'effectuer une recherche à la vitesse de 3,7 millions images par seconde, soit 5 fois plus rapidement que précédement. Un aperçu des possibilités offertes par ce moteur de recherche appelé Piria est disponible sur le site du CEA. Un autre prototype du groupe de recherche (Automatic Linguistic Indexing of Picture) est disponible à l'adresse suivante : http://alipr.com/. ALIPR est actuellement en phase d'apprentissage du monde, vous pouvez l'aider en chargeant une image puis en la décrivant en anglais.

Vous trouverez ci dessous le communiqué de presse publié hier par le CEA :

Le CEA et Bull annoncent avoir atteint une performance record dans la recherche d'images dans les très grandes bases de données. Ainsi, le nouveau moteur permet d'effectuer une recherche de 3,7 millions d'images par seconde, ce qui est 5 fois plus rapide que précédemment. Cette performance record a été obtenue sur un supercalculateur conçu et fourni par Bull, en utilisant le logiciel de recherche multimédia spécialement développé par le CEA LIST1 dans le cadre du projet FAME22. Il ouvre la voie à un vaste champ applicatif allant de la veille stratégique à la comparaison d'images médicales, des « fouilles » de données sur Internet au commerce électronique ou à la gestion de contenu.

Une technologie révolutionnaire de recherche d'image aux applications multiples… Aujourd'hui, les moteurs sur Internet effectuent des recherches d'images uniquement à partir de leur description textuelle (noms, légende). En effectuant les recherches à partir de l'analyse du contenu des images, le moteur de recherche Piria3 développé par le CEA, apporte une solution beaucoup plus puissante, ouvrant la voie à un vaste champ applicatif : de la veille stratégique à la comparaison d'images médicales, des « fouilles » de données sur Internet au commerce électronique ou à la gestion de contenu. Le CEA LIST, qui mène des recherches en ingénierie de la connaissance multimédia multilingue, développe depuis plusieurs années des techniques d'extraction de connaissances pour améliorer la pertinence des résultats. Le principe de la recherche d'images par le contenu est de calculer, pour chaque image de la base, une signature visuelle ou codée et de regrouper ces signatures dans un index. La requête, matérialisée par une image, donne lieu à une réponse sous forme d'images similaires. Ces techniques de recherche par le contenu, qui analysent en premier lieu la valeur des pixels, sont intrinsèquement très consommatrices en calcul.

… aujourd'hui rendue possible par la maîtrise des très grandes puissances de calcul Dans le cadre du projet FAME2 auquel participe le CEA, les chercheurs ont pu accéder à de puissants moyens de calcul haute performance pour tester l'application de recherche d'images Piria dans une base de données de grande dimension. Le test a nécessité l'adaptation du code du moteur Piria à l'architecture parallèle du supercalculateur développé par Bull (88 coeurs de processeurs Intel® Itanium® et 50 téra octets de disque), permettant d'intégrer la base de 22 millions d'images d'un volume de 2,9 Téra octets. Cette action, pilotée par le CEA/DAM4, a fait l'objet d'une collaboration étroite entre les équipes du CEA LIST et de Bull. Les résultats de ce développement ont été présentés durant l'été 2007 : les 22 millions d'images ont été indexées en moins d'une semaine de calcul, en exploitant 48 coeurs de processeurs Intel® Itanium® du supercalculateur ; une fois la base de données indexée, l'utilisateur peut soumettre sa requête depuis son navigateur et obtenir des réponses quasi-instantanées.

Un record de performance mondial Le moteur Piria permet d'effectuer en 6 secondes une recherche parmi 22 millions d'images, au lieu de 15 secondes pour une recherche d'image parmi 11 millions avec le système Cortina, système de recherche d'images par le contenu accessible par Internet et développé par l'Université de Californie de Santa Barbara (UCSB). Cette épreuve était l'un des grands défis que le projet FAME2 se proposait de relever. Cette réussite montre la puissance des technologies de reconnaissance d'images développées au CEA LIST sur de très grandes bases de données comptant plusieurs téraoctets. Ces technologies sont commercialisées par la société NewPhenix5.

Les premiers résultats dans la recherche d'un médicament contre la dengue

2008-02-03T18:32:53Z

Le projet Ensemble découvrons un médicament contre la dengue (World Community Grid) a débuté depuis maintenant plus de 5 mois (le 21 Août 2007). C'est le moment opportun de faire un premier point sur l'avancé de la recherche avec Stan Watowich, le responsable scientifique du projet :

"Une optimisation initiale des paramètres du docking a été effectuée au début de l'Automne 2007. Cette optimisation a permis de diviser par 20 la durée de calcul sans qu'il n'y ait d'incidence sur la précision des prédictions. La protéase NS3 du virus de la dengue (référence 2 FOM dans la banque de données sur les protéines du Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, Protein Data Bank) a été utilisée comme une cible pour le criblage de composés "lead-like" et "drug-like" parmis une chimiothèque de 2,2 millions de macromolécules biologiques. Ces calculs (regroupés sous le nom de 0201) ont duré environ 2 mois. Ils ont utilisé moins de 10% des ressources de la World Community Grid afin de minimiser les goulots d'étranglement résultant du transfert des fichiers (chaque unité ne contenait qu'un seul ligand). Les inhibiteurs obtenus suite au criblage virtuel de ces ligands issus de la chimiothèque par rapport à la protéase NS3 du virus de la dengue ont été étudiés dans notre laboratoire avec l'utilisation d'un test d'inhibition de la protéase. Les composés avec une constante d'inhibition encourageante seront davantage analysés par culture cellulaire et sur des modèles animaux.

La protéase NS3 du virus du Nil occidental (référence 2FP7 de la Protein Data Bank) a été utilisée comme une cible pour sélectionner les composés lead-like et drug-like parmis une chimiothèque de 2,2 millions de macromolécules biologiques. Ces calculs (regroupés sous le nom de 0301) ont duré environ 2 mois et se sont terminés durant les premiers jours du mois de janvier 2008. Ils ont utilisé moins de 10% des ressources de la World Community Grid afin de minimiser les goulots d'étranglement résultant du transfert des fichiers (chaque unité ne contenait qu'un seul ligand). Les inhibiteurs obtenus suite au criblage virtuel de ces ligands issus de la chimiothèque par rapport à la protéase NS3 du virus du Nil occidental ont également été étudiés dans notre laboratoire avec l'utilisation d'un test d'inhibition de la protéase. Les composés avec une constante d'inhibition encourageante seront davantage analysés par culture cellulaire et sur des modèles animaux.

En parallèle, des optimisations du processus de calcul des liaisons moléculaires sont actuellement en bêta test. Ces optimisations permettront d'atteindre le but que nous nous étions fixé, c'est à dire de réaliser le criblage virtuel des composés de la chimiothèque par rapport à une protéine en moins de 2 semaines. Ceci implique de faire tenir plusieurs ligands ( 10) dans une même unité de travail, et ainsi de limiter les goulots d'étranglement résultant du transfert des fichiers. Par ailleurs, des sommes de contrôle (checksum error) seront intégrées à l'intérieur de chaque unité de calcul, ce qui permettra de se passer du calcul redondant nécessaire à la validation des unités de calcul. L'endoprotéase trypsine (référence 1EB2 de la Protein Data Bank) est actuellement en cours de criblage par rapport aux ligands issus de la chimiothèque, elle fournira un contrôle négatif des inhibiteurs découverts (regroupés sous le nom de 0401).

Le criblage virtuel du virus de l'hépatite C va bientôt débuter.

Le projet Discovering Dengue Drugs – Together a bénéficié de 3722 années de temps de calcul processeur de la World Community Grid. Nous sommes reconnaissant envers les particuliers qui mettent généreusement leur ordinateur au service de la lutte contre les virus de la dengue, du Nil occidental et de l'hépathite C."

Laboratoire Watowich L'équipe du laboratoire Watowich

PS3Grid : concours photo

2008-02-03T18:19:52Z

G. De Fabritiis recherche des clichés d'utilisateurs du projet PS3Grid en compagnie de leur(s) PS3. Ces photos seront utilisées dans un article relatif au projet PS3Grid qui paraîtra dans un magazine espagnol d'importance national. Pour participer, il vous suffit juste de poster un lien vers votre photo sur ce topic. Le magazine sélectionnera les meilleurs clichés. Les photos devront être soumises avant demain (lundi 4 février).

Le projet Proteins@home de nouveau sur les rails

2008-02-01T18:19:27Z

Le projet proteins@home de l'école Polytechnique qui ne donnait plus de nouvelles depuis plusieurs mois est relancé. Le 29 janvier sur la page principale nous pouvions voir :"Notre serveur est de nouveau en ligne ! De nouvelles workunits arrivent ...". Sans plus de précisions.

Aujourd'hui, un peu avant 10h00 le développeur du projet annoncait une première vague d'unités. Effectivement, depuis quelques minutes des unités de travail peuvent être téléchargées.

De plus, les responsables du projets travaillent sur une communication prochaine concernant les avancées scientifiques... à suivre.

Première publication du projet Spinhenge@home

2008-01-21T18:53:07Z

Le projet Spinhenge@home vient de publier ses premiers résultats dans une publication intitulée Multiple nearest-neighbor exchange model for the frustrated Keplerate magnetic molecules Mo72Fe30 and Mo72Cr30. L'article de 10 pages est accessible au format pdf (1,2 Mo) et en anglais à l'adresse suivante : http://arxiv.org/PS_cache/arxiv/pdf/0801/0801.2065v1.pdf

Le début du projet Orbit@home à nouveau reporté

2008-01-18T23:39:49Z

Le projet Orbit@home vient de toucher l'argent de la subvention que lui accorde la NASA. Une partie de la somme servira à l'achat d'un serveur dédié. A partir de février 2008, ce serveur devrait être monté puis entrer en fonction. Durant ce lapse de temps, ne vous attendez à aucune nouvelle mise à jours, mise à part une période pendant laquelle orbit@home sera HS. Pour plusieurs raisons, le projet pourrait être réinitialisé sur BOINC, ce qui obligerait tous les utilisateurs à se réinscrire. Pasquale Tricarico, scientifique et développeur du projet, espère développer activement le projet en mars 2008.

La mystérieuse tache bleue, une découverte réalisée par une participante à Galaxy Zoo

2008-01-13T17:58:11Z

"Anyone ?" c'est par cette question qu'Hanny présenta l'objet sur le forum du projet Galaxy Zoo. Elle venait de tomber sur une étrange tache bleue qu'aucun des scientifiques du projet ne pouvait réellement expliquer. Cette tache apparaît juste à coté d'une galaxie plûtot massive, ce pourrait être une galaxie spirale ou une galaxie quelque peu perturbée.

Explication scientifique Pour commencer, les scientifiques du projet ne disposaient d'aucun indice. La mystérieuse tache n'avait pas de spectre, ainsi ils ne pouvaient pas dire grand chose. Elle pouvait aussi bien être située dans notre Voie Lactée, à la même distance que la grande galaxie d'à coté, elle pouvait même être située aux confins de l'Univers. Bill Keel a légèrement amélioré l'image du SDSS (voir ci-dessous) pour révêler une intriguante structure qu'on a appelé l'objet d'Hanny Voorwerp (du nom de la personne qui a posté cette image sur le forum de Galaxy Zoo)

Les 5 filtres SDSS (g,u,r,i,z) revêlent une intriguante structure pour l'image obtenue avec le filtre g

L'objet semble être extrêmement brillant sur l'image obtenue avec le filtre g et quasiment absent sur les autres images. Ce qui laisse penser à un objet à raies d'émission, c'est à dire un objet qui émet la plus grande partie de sa lumière suite à des transitions atomiques très particulières. Cela signifie généralement que nous observons du gaz ionisé (un plasma) et non pas des étoiles. Toujours est-il que ce pourrait être n'importe quoi. Bill Keel a également obtenu une image multi couleurs à l'aide du télescope SARA de 0,9 mètre de diamètre situé à Kitt Peak. Les trois couleurs sont ici plus proches de ce qu'un oeil humain devrait voir en observant cette tache. Ainsi comme l'a judicieusement signalé Bill, il serait plus approprié de parler de la mystérieuse tache *verte*.

Les scientifiques de Galaxy Zoo ont contacté une de leurs connaissances travaillant sur le télescope William Herschel de La Palma (miroir de 4,2 mètres de diamètres) et sont arrivés à le convaincre de mesurer le spectre de Voorwerp. Il apparaît que Voorwerp est... *roulement de tambour* situé à la même distance que la grande galaxie d'à coté. Ce qui implique qu'elle est plutôt grande et lumineuse. Que signifie tout celà ? Que se passe t'il à l'intérieur de Voorwerp ? Ce n'est pas encore très clair. Les scientifiques de Galaxy zoo doivent convenablement analyser le spectre pour comprendre exactement ce qui s'y passe. C'est probablement des étoiles en formation avec un taux de formation très important, provoquant l'ionisation d'énormement de gaz et le faisant briller. Une image plus appronfondie devrait être prise pour trouver une preuve de l'interaction entre la grande galaxie et Voorwerp. Que se passera t'il ensuite ? Les scientifiques auront du pain sur la planche pour mieux comprendre cette mystérieuse tache. Actuellement, Voorwerp est un peu moins mystérieuse que lors de sa découverte, mais il y a encore beaucoup d'amusement en perspective pour comprendre ce qui se passe réellement là bas. Cette découverte montre également le pouvoir de Galaxy Zoo et de l'observation des images avec les yeux des bénévoles. Si Hanny n'avait pas reperé cette galaxie et demandé des explications sur le forum, le scientifiques ne seraient actuellement pas au courant de cet objet.

Les unités en cours de calcul sur FighAids@home

2008-01-12T21:47:22Z

Le docteur Alex Perryman (FightAids@home) donne quelques informations sur les unités en cours de calcul sur le projet :

Les unités avec un nom compris entre faah2785 et faah2947 correspondent à l'expérience 14, alors que celles comprises entre faah3082 et faah3144 font partie de l'expérience 16. Les expériences 16 et 17 ont été introduites avant la fin de l'expérience 14. La raison : les collaborateurs scientifiques du projet ont besoin des résultats des expériences 16 et 17 au plus vite, ces unités ont donc une priorité plus importante. Ainsi, en ce moment, vous calculez un assortiment d'unités des expériences 14, 16 et 17 . Une fois que les expériences 16 et 17 auront été terminées, l'expérience 14 pourra à son tour s'achever. Puis nous reprendrons le calcul des unités de l'expérience 15. Les priorités des différentes expériences pourront être modifiées par les membres de l'équipe de techniciens d'IBM ou les scientifiques de Fighaids@home, tout dépendra de la proportion de gens calculant sur BOINC par rapport à ceux qui calculent encore avec l'ancien logiciel (l'UD Agent). Tous les travaux sont soigneusement numérotés, donc le fait de calculer plusieurs expériences en parallèle ne pose aucun problème, et il est facile de garder la trace d'un docking moléculaire particulier appartenant à telle ou telle expérience. L'expérience 16 est dejà complété à 21%, l'expérience 14 à 53%

Détail des expériences :

Expérience 17 : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex" pour comparer plusieurs composés, leurs fragments et plusieurs dérivés avec un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH mutant (1D4S) avec une double mutation V82F/I84V (explication : les chercheurs ont pris un cliché de 1D4S qui est en mouvement et l'ont figé sous une forme 3D)

Expérience 16 (21%) : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex" pour comparer plusieurs composés, leurs fragments et plusieurs dérivés avec un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1KZK

Expérience 15 : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex", analyse de structures issues de la base de donnée Diversity Set de l'institut du cancer nationale américain (NCI) par rapport à un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1D4S. Expérience 14 (53%) : Utilisation de la méthode "Relaxed Complex", analyse des structures issues de la base de donnée Diversity Set du NCI par rapport à un instantané de la dynamique moléculaire de l'exo site d'un VIH de type sauvage : 1KZK.

Fractionnement de la série de calcul W6 sur Rectilinear Crossing Number

2008-01-10T18:51:48Z

Les unités de travail W6 étaient trop grandes. Elles ont donc été annulées et remplacées par 2 688 999 unités de travail W6q (q signifiant quart, chaque unité W6 a été remplacée par 4 unités W6q). Si vous avez toujours des unités W6, vous pouvez soit les annuler, soit les calculer. Vous recevrez vos points.

Rectilinear Crossing Number : début de la série W6

2008-01-03T15:55:53Z

La série "W6" vient de débuter avec 4 jours d'avance. 764.000 unités ont été introduites sur le serveur du projet. Au fur et à mesure que nous nous rapprochons de la résolution du problème, il apparait comme de plus en plus complexe. C'est pourquoi la durée maximale des unités a été augmentée à 10 heures contre 4 heures auparavant. Toutes les unités qui ne se seront pas terminées au bout de ces 10 heures seront regroup&eacutées puis chacune sera divisée en 100 ou 1000 nouvelles unités. Si elles sont suffisamment nombreuses, elles constitueront ce qui sera la base de calcul de la série "W7".

Début du projet evolution@home sur yoyo@home

2008-01-03T11:32:26Z

Evolution@home est un projet de l'Institut de biologie de l'évolution (Université d'Édimbourg, Ecosse). Le programme vient d'être adapté à BOINC via le projet Yoyo@home. Actuellement, les simulations evolution@home s'intéressent aux conséquences des mutations spontanées délétères. Lorsque la sélection n'est pas assez intense pour les éliminer, ces mutations peuvent se cumuler dans une population au cours de l'évolution. L'attaque continuelle de légères mutations délétères peuvent être une cause majeure de l'extinction des espèces sur le long terme (la compréhension de ce phénomène revêt une importance considérable en biologie de la conservation).

Ce simulateur permet de découvrir la véritable ampleur de ce phénomène sur les génomes asexués, et d'approfondir notre compréhension de l'importance qu'a eu l'apparition des sexes (qui permettent une recombinaison régulière du matériel génétique) sur la survie à long terme des organismes. Plus largement les résultats calculés par ce simulateur aideront à comprendre l'origine et l'évolution de la vie sur notre belle planète Terre . (Description détaillée du projet)

Pour participer, il faut s'inscrire au projet yoyo@home :

URL du projet : http://www.rechenkraft.net/yoyo - INSCRIPTION

Puis se rendre sur compte dans la rubrique yoyo@home preferences, Edit yoyo@home preferences. Décocher le projet "Cruncher - optimal golumb ruler" si vous ne voulez pas participer à la recherche OGR-25 (Distributed.net)

Détails techniques : les unités durent entre 2 et 3 heures sur un pentium 4. L'application, evolution@home 1.03, utilise au maximum 9,3 Mo de mémoire vive. La date limite pour rendre les unités est de 10 jours.

Meilleure prévision du jour réalisée par RvP_LaN

2008-01-02T13:32:06Z

Félicitations à RvP_LaN (équipe l'Alliance Francophone) qui a obtenu l'énergie libre la plus basse sur l'ensemble des structures repliées sur la journée du 29 décembre.

(nom de l'unité : HR1958_homo_BOINC_MFR_ABRELAX_PICKED_2041_0)

RvP LaN est le 4ème membre de l'Alliance Francophone à avoir réalisé "la meilleure prévision du jour".

Voire la liste complète à cette adresse.